Η κατάσταση στην Ελλάδα κατά την έλευση του Καποδίστρια ήταν, όπως έχουμε αναφέρει πολλές φορές, τραγική. Στο θέμα της Δημόσιας Τάξης η κατάσταση ήταν πολύ άσχημη. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελούσε η πόλη του Ναυπλίου μελλοντική πρωτεύουσα του Ελληνικού Κράτους. Εκεί οι δυο οπλαρχηγοί είχαν καταλάβει τα δύο φρούρια και μάχονταν ο ένας τον άλλον. Οι συμπλοκές τους μάλιστα επεκτείνονταν μέσα στην ίδια την πόλη. «Εστερούμεθα δε προ του Κυβερνήτου ασφαλείας και εν αυτώ τω Ναυπλίω, όπου ο μεν Γρίβας εν Παλαμηδίω, ο δε Φωτομάρας εν Ιτσκαλέ αντεπυροβολούντο εμμανώς και αι σφαίραι, εκρηγνύμεναι κατά μέσον της πόλεως, ετραυμάτιζον και απέκτεινον». Οι αντιμαχόμενες παρατάξεις του Γρίβα και του Στράτου υποχρεώθηκαν από την στιβαρή προσωπικότητα του νέου Κυβερνήτη της πατρίδας να αποδεχθούν την νέα πολιτική πραγματικότητα. Ο Γρίβας παρέδωσε τα ζητηθέντα κλειδιά του φρουρίου του Ναυπλίου και ο αντίπαλός του Στράτος παρέδωσε τα κλειδιά της Ακροναυπλίας στον Καποδίστρια. Ήταν μία από τις πρώτες πολιτικές ενέργειες του Καποδίστρια.
Ο Καποδίστριας προχώρησε και με το υπ' αριθμό 14 Ψήφισμά, της 28ης Δεκεμβρίου 1829 δημοσίευσε τον «Κανονισμό της αστυνομίας και καθηκόντων αυτής» όπου απευθυνόμενος προς τον αρμόδιο Υπουργό επί των Στρατιωτικών Λ. Βλαχόπουλο τόνιζε: «...Η δυσχέρεια δεν είναι εν τη δημιουργία ενός Αστυνομικού Σώματος, αλλά εις τας αντιλήψεις του Λαού (ο οποίος πρέπει να κατανόηση), ότι η Αστυνομία δεν είναι δύναμις εχθρική προς τα συμφέροντα του, αλλά μία Αρχή προστατευτική των συμφερόντων όλων των Πολιτών». Κατόπιν ιδρύθηκε η Πολιταρχία, η πρώτη Ελληνική Αστυνομία, στο Ναύπλιο η οποία είχε πολλαπλά καθήκοντα όπως : τον έλεγχο της κίνησης των αλλοδαπών και των κατοίκων άλλων επαρχιών, τον έλεγχο των συνωμοσιών, της οπλοφορίας, των επαιτών, των λεσχών και καφενείων, των οικοδομών, τη φρούρηση των φυλακών, την εκτέλεση διοικητικών και δικαστικών αποφάσεων, την άσκηση δικαστικής αστυνομίας.
Καθιέρωσε τα διαβατήρια για όποιον εισέρχεται στην Ελλάδα. Αν ο εισερχόμενος ήταν αλλοδαπός ώφειλε να παρέχει εγγυήσεις για να του δωθεί διαμονητήριο. Οι εγγυήσεις ήταν θα εσέβετο ότι τους ελληνικούς νόμους και θα διέθετε τα οικονομικά μέσα για να ζήσει.
Ενίσχυσε την καταπολέμηση της ληστείας με τη βοήθεια της Eκτελεστικής Δύναμης Πελοποννήσου, μια Πεντακοσιαρχία που είχε διαιρεθεί σε διάφορα τμήματα της Πελοποννήσου επικεφαλής της δύναμης αυτής ήταν ο Μακρυγιάννης . Καταπολέμησε τις ασυδοσίες και τα πλιάτσικα των στρατιωτών, που ενεργούσαν λόγω ένδειας και αργίας εναντίον των χωρικών και κτηνοτρόφων.
Εξάλειψε την πειρατεία που δρούσε στο Αιγαίο αναθέτοντας τη δίωξη των πειρατών στον Μιαούλη. Ο Ν. Δραγούμης αναφέρει: «Απέστηλε δε ο Κυβερνήτης κατά της πειρατείας τον ναύαρχο Μιαούλη και εν βραχεί ληστήρια τε και λιβυρνίδες και πειραταί κατεκάησαν ή συνελήφθησαν. Μή και πρό του Κυβερνήτου δεν υπήρχεν ο Μιαούλης; Υπήρχε και αυτός, ως και πάντες οι λοιποί έλειπεν όμως νους διοικητικός, χειρ δεξιά και προσωπικόν αξίωμα».
Με εντολή του Καποδίστρια καταστράφηκαν οι βάσεις-ορμητήρια των πειρατών στη Γραμβούσα, στη Σκιάθο και στη Σκύρο. Συνολικά παραδόθηκαν 80 πειρατικά πλοία. Ετσι καταξίωσε την Ελλάδα, διότι η πειρατεία ενοχλούσε την ευρωπαϊκή ναυτιλία και δυσφημούσε τον Ελληνικό αγώνα.Με όλα τα παραπάνω μέτρα αναπτερώθηκε το ηθικό του λαού σε τέτοιο σημείο ώστε: «Ο λαός ηυλόγει τον λυτρωτήν του, και ο «μπάρπα-Γιάννης», όπως ο λαός ωνόμαζεν εν τω αισθήματι της δημώδους αυτού ευσεβείας και φιλοστοργίας τον Κυβερνήτην, ήτο το είδωλον αυτού. Τόσον δε κοινόν και στερεωμένον ήτο το αίσθημα της ασφαλείας και ευνομίας, ως προείπα, ώστε, ότε εις απόκεντρόν τι και έρημον μέρος ποιμήν τις οδηγών το ποίμνιόν του συνηντήθη υπό στρατιωτών, εις δ' εξ αυτών έρριψε βλέμμα λύκου εις αρνίον τι, καλόν εις βρώσιν, «Τί το κοιτάζεις;» είπε προς αυτόν άφοβος και πλήρης θάρρους ο ποιμήν, «έχει μπαρμπαγιάννην και το φυλάττει!».
Ο Καποδίστριας περιόδευε όλην την Επικράτεια με δικά του μάλιστα έξοδα ώστε να έχει ίδια αντίληψη των προβλημάτων και για να ενισχύσει το φρόνημα του λαού.
Ο Νικόλαος Δραγούμης μαρτυρεί τι είδε στο ταξίδι του Καποδίστρια προς την Κόρινθο: «Ηκροάτο δε μετά θαυμασίας υπομονής τους προσερχομένους, ων οι πλείστοι ήσαν ποιμένες βεβαιούντες ότι και διά μόνης της φήμης του ονόματος του Κυβερνήτου έπαυσαν αι αρπαγαί των ποιμνίων». Ακόμα και για τις περιοδείες του αυτές κατηγορήθηκε ότι προσπάθησε να επηρεάσει το λαικό αίσθημα υπέρ αυτού και ακόμη ότι με αυτό τον τρόπο παρακάπτονται οι ντόπιοι πολιτικοί και ο κόσμος προσβλέπει προς τον Κυβερνήτη.
Δυστυχώς όταν δολοφονήθηκε, το κράτος οδηγήθηκε σε αναρχία με τη ληστεία και την πειρατεία να κάνουν πάλι την εμφάνιση τους.