Ο Ιωάννης Καποδίστριας γεννήθηκε στην Κέρκυρα στις 10 Φεβρουαρίου 1776. Ήταν το έκτο από τα εννιά παιδιά του Αντωνίου Καποδίστρια και της Αδαμαντίας Καποδίστρια το γένος Γονέμη. Ο πρωτόκοκος γιός ήταν ο Βιάρος, κατόπιν ο Βίκτωρ, μετά ο Ιωάννης, ο Αυγουστίνος και ο Γεώργιος. Από τις τέσσερις αδελφές, οι δυο έγιναν μοναχές και απο τις άλλες δύο η μια παντρεύτηκε τον Σπυρίδωνα Πολυλά και η άλλη τον Νικόλαο Ροδόσταμο.

Η καταγωγή του πατέρα του ήταν από την Ιουστινόπολη η οποία μετά την πτώση της Ρωμαίκής Αυτοκρατορίας μετονομάσθη σε Capo d’ Istria, από την περιοχή της σημερινής Κροατίας. Από εκεί, η οικογένεια ήρθε στην Κέρκυρα, τον ιδ΄ αιώνα περίπου, όπου ο Αντώνιος Καποδίστριας ο οποίος είχε τον τίτλο του Κόμη, ο τίτλος του κόμη του είχε απονεμηθεί απο τον τον Δούκα της Σαβοίας και κατόπιν απο την Ενετική Πολιτεία. Στην Κέρκυρα γνώρισε την σύζυγό του Αδαμαντία, όπου και η δική της οικογένεια ήταν γραμμένη στο libro d’ oro του νησιού. Ο Ιωάννης Καποδίστριας, από μικρή ηλικία, έμαθε εκτός των άλλων λατινικά, γαλλικά, ιταλικά, πιάνο και ιππασία. Συνδέθηκε πνευματικά με τον ηγούμενο της Μονής της Πλατυτέρας π. Συμεών. Το 1792 κάνοντας ιππασία έπεσε από το άλογο το οποίο τον παρέσυρε για αρκετή απόσταση. Τη διάσωσή του ο Καποδίστριας την απέδωσε σε θαύμα της Παναγίας. Υπάρχει μάλιστα στη μονή της Πλατυτέρας ακόμη και σήμερα αναπαράσταση του γεγονότος φιλοτεχνημένο από λαικό ζωγράφο. Σε ηλικία 17 ετών πήγε στην Πάδοβα της Ιταλίας να συνεχίσει τις σπουδές του.