Ο Καποδίστριας, έχοντας σπουδάσει την ιατρική επιστήμη οργάνωσε τον τομέα της υγίειας και δημιούργησε το πρώτο σύγχρονο λοιμοκαρθατήριο για τις κοινοτήτες που πλήττονταν από επιδημίες, όπως τύφο, ελονοσία, δυσεντερία.Ετσι κατόρθωσε και αντιμετώπισε με επιτυχία την πανώλη που έπληξε το Ναύπλιο, τις Σπέτσες και την Ύδρα, λαμβάνοντας επείγοντα και αποτελεσματικά μέτρα. Μερίμνησε και ιδρύθηκαν στον Πόρο το πρώτο ναυτικό νοσοκομείο (25-11-1829) με πρώτο διευθυντή τον αρχίατρο Χρονία Δροσινό το 1828 στις εγκαταστάσεις της Ιεράς Μονής Ζωοδοχού Πηγής Πόρου, το πρώτο ορφανοτροφείο του έθνους για τα ορφανά των πολεμιστών του αγώνα.Στο Μοναστήρι στεγάστηκαν 180 ορφανά και σε λίγο καιρό έφθασαν τα 500. Ίδρυσε στην Αίγινα το Ορφανοτροφείο το οποίο περιλάμβανε 12 δωμάτια προορισμένα το καθένα για 30 παιδιά, Εκκλησία και νοσοκομείο.

Ίδρυσε τον πρώτο προσφυγικό καταυλισμό της χώρας στον οικισμό Πρόνοια στο Ναύπλιο για να στεγάσει τους πρόσφυγες που συνέρρεαν σ΄αυτό όταν απελεθευρώθηκε από τους Τούρκους. Τον οικισμό σχεδίασε ο αρχιτέκτονας Στ. Βούλγαρης.

Σκοπός του Καποδίστρια ήταν ν' αξιοποιήσει το ιατρικό δυναμικό, να είναι αποτελεσματική η περίθαλψη των πληγωμένων και των άλλων ασθενών αλλά και ο επισιτισμός του λαού: «Τούτο το παξιμάδιον φαίνεται μεν άσχημον, είναι όμως καλόν, το εδοκίμασα ο ίδιος, και δύναται να χρησιμεύση ως αρίστη τροφή εις ανθρώπους παντάπασιν ατρόφους».

Ο Ιωάννης Καποδίστριας προσπάθησε να ενημερώσει τους Έλληνες και να τους μεταφέρει τις ιατρικές γνώσεις της εποχής του με όρους εκλαϊκευμένης ιατρικής για τους κίνδυνους και την αποτελεσματική αντιμετώπιση των μεγάλων λοιμωδών νόσων.

Δημοσίευσε ένα άρθρο «Περί της Ευλογιάς της θεοτικής και της δαμαλίτιδας». Παρουσίασε εισαγωγικά ως τις τέσσερις μάστιγες της Ευρώπης την πανώλη, την κίτρινη θέρμη, τη χολέρα και την ευλογιά. Περιέγραψε την τεχνική του εμβολιασμού, τις επιπλοκές του, την κλινική εικόνα της νόσου χωρίς δαμαλισμό και τη διαδρομή του εξανθήματος μετά τον εμβολιασμό. Ο Καποδίστριας περιέγραψε πως έγινε η πρώτη αποτελεσματική εκστρατεία εμβολιασμού του νεωτέρου Ελληνικού κράτους.
Έγραψε ιατρικό άρθρο σχετικά με τον συνολικό αριθμό των εκφορητικών πόρων των ιδρωτοποιών αδένων.
Μετέφρασε το γαλλικό έργο με τον τίτλο «Ιστορία της εισδρομής της χολέρας εις την Ευρώπη» που αφορούσε τις τρεις έως τότε γνωστές επιδημίας χολέρας, εξορμούμενης από Ινδίες στην Ευρώπη. Στο άρθρο του τονίστηκε η μεταδοτικότητα της νόσου, η παροδική της υποχώρηση με το ψύχος και η συμβολή των μεταφερόμενων στρατευμάτων στην εξάπλωσή της.
Περιέγραψε σε άρθρο τις παρατηρήσεις του για τις ευφραντικές και ιλαρυντικές ιδιότητες του πρωτοξειδίου του αζώτου το οποίο ήταν το πρώτο αναισθητικό. Από το 1844 και κατόπιν τέθηκε σε χρήση ως αναισθητικό και μάλιστα στις ΗΠΑ από έναν οδοντίατρο ονόματι Οράτιο Ουέλς. O Καποδίστριας απασχολήθηκε από την ανακάλυψη αυτή, διαισθανόμενος το μέλλον της.
Τέλος έγραψε ένα άρθρο το Σεπτέμβριο του 1831 με τίτλο «Περί της του ανθρώπου και των λοιπών ζώων διαφοράς». Αναφέρθηκε σε ανατομικές και φυσιολογικές διαφορές ανθρώπου - πιθήκου, και τόνισε ότι ο άνθρωπος είναι το τελειότερο δημιούργημα του Θεού. Αναφέρθηκε ακόμα στα πλεονεκτήματα του ανθρώπου, δηλ. στην όρθια θέση και το ορθό βάδισμα, στην κατασκευή της σπονδυλικής στήλης και των κάτω άκρων, στην θέση των αισθητηρίων και τη χρήση των άνω άκρων και δη του αντίχειρα.

Κατά την περίοδο της Επανάστασης δεν υπήρχε οργανωμένη επιμελητεία για την περίθαλψη των πληγωμένων αγωνιστών. Ήταν φρικτά τα «μαρτύρια» τους στα πεδία των μαχών. Η επιβίωση τους τις περισσότερες φορές ήταν θέμα τύχης. Μεγάλες ήταν οι ελλείψεις ιατρικού προσωπικού, εργαλείων και του αναγκαίου ιατροφαρμακευτικού υλικού. Χαρακτηριστική είναι η αναφορά του Ιωάννη Φιλήμονα στο θέμα αυτό:

«Ελλείποντος οίουδήτινος νοσοκομείου στρατιωτικού, οι τραυματίαι και ασθενείς παρεπέμποντο εις τας οικίας αυτών, ή εις την πλησιεστέραν πόλιν, ή μονήν ή χωρίον. Άλλως, οι στρατιώται ενοσοκόμουν τούτους, τυγχάνοντας αλλοδαπούς μάλιστα, όπου και όπως ήδύναντο. Γραία δε τις, ή κουρεύς, ή μοναχός, ή εμπειρικός επεσκέπτοντο αυτούς, πολλάκις στερούμενοι και αυτών των προχειρότερων οργάνων και μέσων οίον μήλης ή φλεβοτόμου, αλοιφής ή κηρωτής, τιλτού και των τοιούτων [...] Σπανιώτατοι ήσαν, και περιοδικοί ανεφαίνοντο, επιστήμονες ιατροί, άνθ’ ών οφείλομεν ειπείν, εμπειρικοί τινές χειρούργοι [...], παρά τούτους δε και τινές μυστηριώδη τινά κατά παράδοσιν γνωρίζοντες φάρμακα εκ χόρτων και άλλων συνθέσεων, κατά πολύ ωφέλιμοι εγίνοντο».

φαρμακοποιιαΚατά την καποδιστριακή περίοδο καταβάλλονται προσπάθειες και για τη βελτίωση της φαρμακοποιίας. Αν και το ιατρικό επάγγελμα επηρεάστηκε από τις επιστημονικές επιτεύξεις και ο εμπειρικός βοτανιστής αρχίζει να γίνεται φαρμακοποιός, η ιατροφαρμακευτική περίθαλψη βρίσκεται σε νηπιακή κατάσταση. Είναι χαρακτηριστικό το γεγονός ότι επαφίεται στην ιδιωτική πρωτοβουλία όχι μόνο η παρασκευή φαρμακευτικών σκευασμάτων για την προάσπιση της δημόσιας υγείας αλλά και η εκπαίδευση όσων ενδιαφέρονται να ασκήσουν «την φαρμακευτικήν τέχνην». Ο Ιωάννης Καποδίστριας, ως Κυβερνήτης και ιατρός, αποβλέποντας στην πρόληψη των ασθενειών που μάστιζαν τους κατοίκους της χώρας και γενικότερα στη βελτίωση της δημόσιας υγείας, φρόντισε για την εκπαίδευση τροφίμων του Ορφανοτροφείου της Αίγινας σε σχετικά επαγγέλματα.