Ενθρονίστηκε Επίσκοπος Ρεθύμνης τον Ιούλιο του 1826. Ο Γερμανός περιηγητής F.W.Sieber που επισκέφθηκε το νησί το 1817 μας πληροφορεί ότι ο Ιωάννης Λαζαρόπουλος ο μετέπειτα Επισκοπος Ρεθύμνης Ιωαννίκιος (1826-1838) "είχε μια βιβλιοθήκη από μερικές εκατοντάδες των πιο εκλεκτών έργων". Μετά απο λίγο καιρό τον Δεκέμβρη του 1827 κατέφυγε με ρώσικο πλοίο στην επαναστατημένη Ελλάδα.
Με το υπ’ αριθ. 46 διάταγμα της 18 Οκτωβρίου 1829 διορίστηκε μέλος της επιτροπής, την οποίαν αποτελούσαν οι αρχιερείς Αιγίνης Γεράσιμος, ο Ταλαντίου Νεόφυτος, ο Ρεθύμνης Ιωαννίκιος και ο Κυρήνης Παρθένιος. Σ’ αυτήν ανατέθηκε η σύνταξη θρησκευτικών σχολικών βιβλίων (Ευχολογίου, Σύνοψης και Κατήχησης), με βάση το σχέδιο που είχε εκπονήσει ένας άλλος αξιόλογος εκκλησιαστικός άνδρας και λόγιος της εποχής, ο Βαρθολομαίος Κουτλουμουσιανός.
Μέχρι το 1838 που έγινε Επίσκοπος Ιωαννίνων κρατούσε τον τίτλο του Επισκόπου Ρεθύμνης, χωρίς να είναι στο Ρέθυμνο. Είναι η χρονιά όπου ο νεομάρτυρας Γεώργιος, σε ηλικία 30 ετών βρήκε μαρτυρικό θάνατο δια απαγχονισμού στην πόλη των Ιωαννίνων. Η αγχόνη είχε στηθεί μπροστά στην τότε πολυσύχναστη πλατεία των Ιωαννίνων, «Κουρμανιό», που βρίσκεται απέναντι από τη μεγάλη πύλη του Κάστρου και η οποία φέρει σήμερα το όνομα του νεομάρτυρα.

Με έκθεση του στον Οικουμενικό Πατριάρχη στις αρχές του 1839 "επι τη βάσει εκθέσεως του απο Ρεθύμνης Μητροπολίτου Ιωαννίνων Ιωαννικίου υπογεγραμμένης και υπο του πρώην Βελλάς Λεοντίου, του Περιστεράς Σεραφείμ και άλλων πολλών κληρικών και λαϊκών, βεβαιωσάντων την τέλεσιν θαυμάτων εν τω τάφω του Νεομάρτυρος", ο Οικουμενικός Πατριάρχης Γρηγόριος ο Στ' απεφάσισε με Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη, που εκδόθηκε στις 19 Σεπτεμβρίου 1839, όπως "...ο υπερ Χριστού πανδήμως το μαρτύριον αναδεξάμενος Γεώργιος ο Νεομάρτυς , γνωρίζεται τουντεύθεν παρά πάσης της Ορθοδόξου Ανατολικής Εκκλησίας, αληθής μάρτυς του Χριστού, συναριθμούμενος τη τη χορεία των πιστών, τελουμένης κανονικώς της μνήμης αυτού κατά την 17η Ιανουαρίου". Ο Πατριάρχης Γρηγόριος, στέλνοντας την Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη στον Μητροπολίτη Ιωαννίνων, τον παρακάλεσε να μη τη δημοσιεύσει για να μην προκαλέσει τους Τούρκους. Παράλληλα πρόσθεσε ότι ορίστηκε η γιορτή του νεομάρτυρος την 17ην Ιανουαρίου, ημέρα γιορτής του αγίου Αντωνίου, για να μη φανεί ότι για τον Νεομάρτυρα έγινε νεα γιορτή. Η φήμη όμως των θαυμάτων του αγίου σε χριστιανούς και Μουσουλμάνους παραμέρισε τους φόβους και έτσι η γιορτή του αγίου Γεωργίου τελούνταν πανηγυρικά.