Η ναυτιλία απέδωσε τα μέγιστα και αναπτύχθηκε με γοργούς ρυθμούς. Δεν είχαν άδικο οι Άγγλοι πολιτικοί και διπλωμάτες που έλεγαν ότι πριν ακόμη αναλάβει τη διακυβέρνηση της χώρας ο Καποδίστριας: «Εάν η Ελληνική εμπορική ναυτιλία ήταν ανταγωνιστική της Αγγλικής και όταν η Ελλάδα ήταν υπόδουλη στην Τουρκία, ημπορεί να συμπεράνει κανένας πόσο επικίνδυνη θα γινόταν μετά την απελευθέρωσή της και εάν την κυβερνούσε κάποτε ο Καποδίστριας».

 Οι προστάτριες Δυνάμεις μάλιστα προσφέρθηκαν να επιτρέψουν στα ελληνικά πλοία να υψώνουν τις δικές τους σημαίες ώστε να πλέουν με αγγλικά, γαλλικά και ρώσικα διαβατήρια σε όλα τα λιμάνια. Ο Κυβερνήτης κατάλαβε έγκαιρα πόσο επικίνδυνη για το Ελληνικό ναυτικό ήταν αυτή η προσφορά απηύθυνε έγγραφο προς όλα τα ναυτικά νησιά: "Εγγίζουμεν εις το τέλος της μακράς μας αβεβαιώτητος. Και βεβαίως κατ' αυτήν την στιγμήν το Ελληνικόν Ναυτικόν δεν θέλει χάσει το θάρρος και την ευψυχίαν του εξ εναντίας χρεωστεί να προσπαθήσει δια υστερινήν φοράν, ώστε να είναι εις θέσιν να συλλέξει τον καρπόν όλων των ευγενών και γενναίων προσφορών του". Επέβαλε τότε στα Ελληνικά πλοία την Ελληνική σημαία και μ' αυτήν έπλεαν και εμπορεύονταν πλέον σε όλα τα λιμάνια. Επέτυχε σε τέτοιο βαθμό ώστε "Οι ξένοι παραπονούνται ότι δεν βλέπουν καθ' όλας τας θαλάσσας ειμή την Ελληνικήν σημαίαν. Αποδίδουν δε την αιτίαν εις τον Κυβερνήτην."

 Επιπλέον δόθηκαν χρήματα για την επισκευή πλοίων, για ναυπήγηση ή αγορά καινούριων: «... να μεταχειρισθή το πλειότερον μέρος (του δανείου) υπέρ του ναυτικού. Τα πλοία της Ύδρας, των Σπετσών και Ψαρρών φθείρονται καθ' ημέραν ...» και ιδρύθηκαν ναυπηγεία στον Πόρο και στο Ναύπλιο.

Ακόμη λήφθησαν ειδικά μέτρα για την Ύδρα και τις Σπέτσες δίδοντας φορολογική ατέλεια για τα λιμάνια τους: «... Ότι ο ελεύθερος λιμήν δοθήσεται αμοιβαδόν έν έτος εις την Ύδραν, και άλλο εις τας Σπέτσας...».

 Στη Γενική Εφημερίδα της Ελλάδος άρχισε να δημοσιεύεται από τον Δεκέμβριο 1829 η κίνηση των λιμένων της χώρας. Από τις δημοσιεύσεις αυτές φαίνεται η πολύ μεγάλη ανάπτυξη της ναυτιλίας και η σημαντική ναυτική και εμπορική δραστηριότητα του νέου Κράτους κατά τα έτη 1830-1831. Τα λιμάνια που αναφέρονται συχνότερα είναι: Σύρου, Αίγινας, Ναυπλίου, Ύδρας, Σπετσών, Πόρου, Πατρών, Νεοκάστρου, Μονεμβασιάς, Μεσολογγίου, Ναυπάκτου, Γαλαξιδίου, Βόνιτσας, Μύτικων, Καλαμακίου, Μεγάρων, Αλμυρού, Κορώνης, Μεθώνης, Κατακόλου, Γλαρέτζας, Σκαλομάτων Πύργου, Βοστίτσας, Μύλων, Κρανιδίου, Τήνου, Σαντορίνης, Μυκόνου, Κέας, Σκοπέλου, Σαλαμίνος, Ίου, Σάμου, Άνδρου, Σίφνου, Μήλου, Ψαρών, Ηλιοδρομίων, Νάξου, Κάσου, Πάτμου. Αναφέρονται και λιμάνια νησιών, που δεν περιλήφθηκαν τελικά στο ελληνικό κράτος τότε, της Σάμου, των Ψαρών, της Κάσου και της Πάτμου. Τα εμπορεύματα, εξάλλου, που διακινούνται από τα λιμάνια αυτά είναι, όπως αναφέρονται: ξυλεία, ζώα, οίνος, έλαιον, πορτοκάλια, βάμβαξ, κριθή, κάστανα, σταφίδες, ελαίαι, λεμόνια, όσπρια, κίτρα, δέρματα, αραβόσιτος, μέλι, τυρός, όρυζα, κρόμμυα, βούτυρον, σίτος, σάπον, βελανίδια.