Οταν ήρθε ο Καποδίστριας, η Ελλάδα ήταν βεβαρημένη με το υπέρογκο χρέος των 2.800.000 λιρών στερλίγκων λόγω των εξωτερικών δανείων του 1824 και του 1825 και με ένα εσωτερικό χρέος το οποίο ανερχόταν περίπου στα 30.000.000 φράγκα. Εκτός ,όμως, από τεράστιο δημόσιο χρέος , υπήρχαν δεκάδες χιλιάδες πρόσφυγες που έπρεπε να συντηρηθούν και χιλιάδες αιχμάλωτοι που έπρεπε να εξαγοραστούν.
Προκειμένου να βρεί πόρους δεν δίστασε να υποθηκεύσει υπέρ της Τράπεζας εθνικά κτήματα, όπως ο αμπελώνας της Κορίνθου, ο αμπελώνας της Βοστίτσης, ο ελαιώνας των Σαλώνων και η Σμύριδα και η Αλυκή της Νάξου.Το μέτρο αυτό ενίσχυσε τη χρηματιστική πίστη της Ελλάδος στο εξωτερικό.
Επιπρόσθετα, ο Καποδίστριας στις 28 Ιουλίου 1828, ίδρυσε στην Αίγινα το Εθνικό Νομισματοκοπείο. Την 1η Οκτωβρίου του 1829 κυκλοφόρησε το πρώτο Ελληνικό νόμισμα ονόματι «αργυρός φοίνικας». Μέσα σε ένα μήνα σχεδόν από τον ερχομό του, ο Ι. Καποδίστριας έθεσε με διάταγμα τέρμα στην απαράδεκτη ποικιλία νομισμάτων που κυκλοφορούσαν στην Ελλάδα. Καταλάβαινε ότι, για να μπει κάποια τάξη στην οικονομία, έπρεπε να αντικατασταθούν τα τούρκικα νομίσματα, γιατί με τις συνεχείς υποτιμήσεις τους υπονόμευαν κάθε οικονομική συναλλαγή, ιδιωτική η κρατική. Αισθανόταν, άλλωστε, πως τα νομίσματα ήταν και θέμα Εθνικής αξιοπρέπειας, επειδή με αυτά θα εκφραζόταν η ανεξάρτητη υπόσταση του Ελληνικού Κράτους. Το πρώτο νόμισμα της νεώτερης Ελλάδος, στην μπροστινή του όψη, έφερε τον αναγεννώμενο από τη στάχτη Φοίνικα, που ατένιζε τον Σταυρό, περιβαλλόμενο από τις ακτίνες του Αγίου Πνεύματος. Στην περιφέρειά του είχε τις λέξεις: ΕΛΛΗΝΙΚΗ ΠΟΛΙΤΕΙΑ και στην οπίσθια όψη σε κύκλο, ΚΥΒΕΡΝΗΤΗΣ Ι. Α. ΚΑΠΟΔΙΣΤΡΙΑΣ - 1828 - και στη μέση δάφνινο στεφάνι, πάνω στο οποίο αναγραφόταν η αξία του νομίσματος.Τα πρώτα νομίσματα που κόπηκαν, οι Φοίνικες (ασημένια) ήταν των 10 λεπτών, των 5, του 1 (χάλκινο). Συνολικά κόπηκαν 12.000 ασημένιοι Φοίνικες και ένα εκατομμύριο χάλκινοι Φοίνικες.
Λίγες ημέρες μετά την άφιξη του Όθωνα, εκδόθηκε Διάταγμα με το οποίο σταματούσε η κοπή των νομισμάτων με αποτέλεσμα την 1 Φεβρουαρίου 1833 το Νομισματοκοπείο της Αίγινας να σταματήσει τις εργασίες του. Το νομισματοκοπείο έκλεισε και ο Όθωνας έκοψε τα νομίσματα του Κράτους στη Βαυαρία, καταργώντας το Φοίνικα ως εθνικό έμβλημα και αντικαθιστώντας τον με ρόμβους των Βίττελσβαχ. «...Εκρίναμεν αναγκαίον να αποφασίσωμεν να παύση παρευθύς η κατά τους μέχρι τούδε τύπους εκτύπωσις Ελληνικών νομισμάτων. Τα παρόντα μέταλλα, καθώς και τα παρόντα νομίσματα, πρέπει να σημειωθούν αμέσως κατά τας ποσότητας των και να βαλθώσι προσωρινώς εις ασφαλή φυλακήν».
Ο Καποδίστριας προχώρησε και οργάνωσε την κάθε κρατική υπηρεσία με λογιστική τάξη και ακρίβεια ώστε να γίνεται έλεγχος για τη διαχείριση του δημοσίου χρήματος και να επιβάλλονται κυρώσεις κατά της διαφθοράς. Στις περιπτώσεις όπου: «... παράπονα κατά της παρανόμου πολιτείας των τε λιμεναρχών και των υγειονόμων και των δασμοτελωνών, εκτρεπομένων εις καταχρήσεις πιεστικάς του λαού, των οποίων λαμπρά απόδειξις είναι ο σήμερον όχι μόνον άνετος βίος, αλλά και η σκανδαλώδης πολυτέλεια αυτών,... Θέλει διορισθή άνευ αναβολής επίτηδες γενικός επιθεωρητής όλων των λιμένων της επικρατείας με αρμοδιότητες οπόταν ευρίσκη ελλείψεις, υποψίαν διδούσας σφετερισμού ή κακοπολιτείας, να τους διαπαύη της υπηρεσίας, να τους εγκαλή προς την κυβέρνησιν, και αντ' αυτών να καθιστά άλλους προσωρινώς...».
Προασπίστηκε την οικονομία του δημοσίου χρήματος: «Ελπίζομεν ότι, όσοι εξ υμών μεθέξωσι μετά της Κυβερνήσεως εις την προσωρινήν Διοίκησιν, καθώς και οι λοιποί των πολιτών, όσοι προσκληθώσιν επί τούτω θέλουν γνωρίσει μεθ' ημών, ότι εις τας παρούσας περιστάσεις οι εν δημοσίοις υπουργήμασι δεν είναι δυνατόν να λαμβάνουν μισθούς αναλόγους με τον βαθμόν του υψηλού υπουργήματός των και με τας εκδουλεύσεις των, αλλ' ότι οι μισθοί ούτοι πρέπει να αναλογούν ακριβώς με τα χρηματικά μέσα, τα οποία έχει η κυβέρνησις εις την εξουσίαν της». Σε κρίσιμες στιγμές μάλιστα εκάλεσε τους δημοσίους υπαλλλήλους να παραιτηθούν, όσοι είχαν την δυνατότητα, οριστικά ή προσωρινά απο το μισθό τους ολικά ή μερικά. Ο Καποδίστριας γνώριζε ότι η διαφθορά του δημοσίου βίου είναι καταστρεπτική για τον τόπο. Ο ίδιος αποκάλυψε κάτι συγκλονιστικό και εν πολλοίς άγνωστο στους νεώτερους Ελληνες: «...Τούτο αν δε βάλωμεν εις τάξιν, αδύνατος είναι ο επισιτισμός του στρατεύματος. Έχω δε ανά χείρας υλικήν την απόδειξιν, ότι και η συντριβή του Μεσολογγίου από τοιούτων ιεροσυλιών προήλθε, πωλουμένων ανοσιοκερδώς εν Ιθάκη και εν Ζακύνθω των διά μεγίστων δυσκολιών εις Μεσολόγγιον πεμπομένων τροφών και του οψαρίου αυτού. Το χρέος μου λοιπόν έκαμα και τους τοιούτους ανθρώπους εις τρόμον έβαλα, λαλήσας κατά πρόσωπον στερράς αληθείας. Οι λόγοι όμως πρέπει να έχωσι τέλος, και τότε φθάνει ο πάταγος, και πατάξω, και υμάς παρακαλώ να πατάξετε ισχυρώς».
Ο Καποδίστριας προχώρησε στην τροποίηση του συστήματος των προμηθειών του Δημοσίου και του εξοπλισμού των πλοίων. Συνιντούσε στους υπεύθυνους των προμηθειών των τροφίμων και άλλων εφοδίων να προσέχουν πολύ και να ελέγχουν τα αγοραζόμενα είδη ως προς την ποιότητα και την ποσότητα τους. Ακόμη τους συνιστούσε να εξαντλείται κάθε συνδυασμός τόπου και τρόπου αγοράς ώστε η αγορά να είναι όσο το δυνατόν φθηνότερη και επωφελέστερη για το Δημόσιο. Ο ίδιος δεν δίστασε, όταν έκρινε ότι ήταν προς ωφέλεια του Δημοσίου, να αποστείλει τις συναλλαγματικές των Ρωσικών βοηθημάτων να εξαργυρωθούν στη Νεάπολη αντί του Λονδίνου όπου θα είχαν καλύτερη τιμή.
Ανέθεσε στον Εϋνάρδο την επιστροφή του πλοίου «Μονόκερος» στην Ελλάδα με το οποίο είχε απέλθει εις την Αγγλία ο Λόρδος Κόχραν όταν έφυγε από την Ελλάδα. Το πλοίο αυτό είχε αγοραστεί και επισκευαστεί με Ελληνικά χρήματα.
Το Νοέμβριο του 1830 ζήτησε από τον Εϋνάρδο να του συστήσει οικονομολόγο με οργανωτικές ικανότητες και γνώσεις λογιστικών, κατά προτίμηση Γάλλο, ώστε να τον χρησιμοποιήσει στην οργάνωση των οικονομικών του Κράτους. Ο Εϋνάρδος βρήκε τον Αρτεμόν ντε Ρενύ, ο οποίος όμως έφθασε στην Ελλάδα τις παραμονές της δολοφονίας του Κυβερνήτη.
Ο Καποδίστριας πραγματοποίησε πάμπολλες εκκλήσεις πρός τους Έλληνες και φιλέλληνες του εξωτερικού να βοηθήσουν οικονομικά την χώρα: «...'Αρτου και χρημάτων ανάγκην έχομεν. Εγώ εκ των λειψάνων της μικράς μου περιουσίας έδωκα ήδη. Κάμετε και εσείς, Κύριοι παν ό,τι δύνασθε προς βοήθειάν μας, στέλλοντες σίτον αραβόσιτον, όρυζαν και άλευρα και ό,τι εξοδεύσετε θα σας πληρωθεί εν καιρώ και παρά της Εθνικής Τραπέζης. Θαρσείτε Κύριοι ότι η Θεία Πρόνοια δεν θέλει μας εγκαταλείψει. Αλλά θυμηθείτε συγχρόνως ότι αυτή τους κόπους σας ευλογήσασα και βίους καλλίστους εξασφαλίσασα εις υμάς, σας προετοίμασε να αισθάνεσθε χαράν και ικανοποίησιν εις την εκπλήρωσιν των οφειλομένων προς την Ελλάδα».
Αξιοποιήθηκαν οι εθνικοί πόροι και τα κληροδοτήματα του εσωτερικού και εξωτερικού.
Όλα αυτά τα μέτρα απέδωσαν, όπως ο ίδιος ομολογεί: «Αι πρόσοδοι της Ελλάδος εδιπλασιάσθησαν σχεδόν αφ' ότου εγώ ήλθον. Το μεν παρελθόν έτος έδωκαν περί τα 3.000.000 φράγκων, το δε παρόν υπόσχονται περί τα 5.000.000». Το κράτος άρχισε να λειτουργεί, τα έσοδα συνήχθησαν, αξιοποιήθηκε ο εθνικός πλούτος, αν και τα έξοδα για τις στρατιωτικές δαπάνες λόγω του πολέμου τα χρόνια 1828-1829 ανέρχονταν στο 73% των εσόδων και τα χρόνια 1829-1830 στο 63%.