Τον Ιανουάριο του 1816 επέστρεψε στην Πετρούπολη, από το Παρίσι, πολύ διαφορετικά από όταν είχε έρθει πριν επτά χρόνια. Τότε είχε έρθει σαν απλός υπάλληλος του υπουργείου Εξωτερικών και τώρα επέστρεψε σαν ο υπουργός Εξωτερικών της Ρωσίας. Εγκαταστάθηκε σε ένα μέγαρο πλησίον του Υπουργείου Εξωτερικών. Στις 19 Ιανουαρίου 1816 ο Τσάρος τον διόρισε μυστικοσύμβουλό του, βαθμό που τον ανέβασε σε τρίτο, κατά την τάξη, στην ρωσική ιεραρχία.

Μαζί με τον κόμη Νέσσελρόντε εργάστηκε για την ανασύνταξη του υπουργείου Εξωτερικών και ανέλαβε να οργανώσει και την Βεσσαραβία (σημερινή Μολδαβία) η οποία παραχωρήθηκε στη Ρωσία με τη συνθήκη του Βουκουρεστίου το 1812. Μέσα σε τρία χρόνια πέτυχε να θέσει τις βάσεις για την εκπαίδευση, την οικονομία, την γεωργία και γενικά βελτίωσε τους όρους διαβίωσης του λαού. Επιπλέον, μοίρασε εκτάσεις που ανήκαν σε Τούρκους πασάδες, σε ακτήμονες.

Όλοι οι θεσμοί που υπήρχαν στη Βεσσαραβία ως τα τέλη του 19ου αιώνα ήταν δημιούργημα του Καποδίστρια.

Εν τω μεταξύ η Φιλική Εταιρεία έχει ιδρυθεί και αναπτύσσεται με γοργούς ρυθμούς προσελκύοντας ολοένα και περισσότερους Έλληνες στους κόλπους της.

Το Σεπτέμβριο του 1818, ο Ιωάννης Καποδίστριας εκπροσώπησε την Ρωσία στο συνέδριο της Αιξ Λα Σαπέλ (σημ. Άαχεν).