Τον Οκτώβριο του 1820 συνήλθαν στο Τροπάου οι Μεγάλες Δυνάμεις. Το φλέγον ζήτημα ήταν η επανάσταση στη Νεάπολη που είχε ξεσπάσει στην Ιταλία. Ο Μέτερνιχ επιζητούσε την άμεση καταστολή της και ο Καποδίστριας πάλευε να τον αντικρούσει. Καμία απόφαση τελικά δεν ελήφθη και το συνέδριο επαναλαμβάνεται μετά από λίγους μήνες στο Λάυμπαχ, σημερινή Λιουμπλιάνα, από τις 12 Ιανουαρίου 1821 έως τον Μάιο του 1821. Η Αυστρία τελικά επέτυχε το σκοπό της και έστειλε στρατεύματα να καταπνίξουν την επανάσταση, αφού το συνέδριο απεφάσισε την καταστολή της. Την ίδια τύχη είχε και η επανάσταση στο Πεδεμόντιο. Όσο ακόμη κρατούσαν οι εργασίες του συνεδρίου, ο Αλέξανδρος Υψηλάντης ξεκίνησε την Ελληνική επανάσταση στις 24 Φεβρουαρίου 1821 από το Ιάσιο, που ήταν τότε Ρωσικό έδαφος. Η χρονική στιγμή ήταν ίσως η χειρότερη που θα μπορούσε. Όταν οι μεγάλες δυνάμεις συνεδρίαζαν για το πώς θα καταπνίξουν τις εξεγέρσεις, η Ελληνική Επανάσταση ξεκινούσε. Στην προκήρυξή του ο Αλέξανδρος Υψηλάντης, ο οποίος ήταν αξιωματικός του Ρωσικού στρατού, έκανε μνεία και στη Ρωσική βοήθεια. Όλες οι υποψίες των συνέδρων έπεσαν στον Τσάρο. Ο Καποδίστριας συντάσσει επιστολή αποκηρύσσοντας το κίνημα του Υψηλάντη, ώστε να καθησυχάσει τους συμμάχους, αλλά και να πείσει τους Τούρκους ότι το κίνημα του Υψηλάντη ήταν κάτι μεμονωμένο και η Ρωσία δεν βρισκόταν από πίσω. Η Επανάσταση μεταδίδεται και στην Πελοπόννησο. Ο Μέτερνιχ κατέθεσε πρόταση για την καταστολή όλων των επαναστάσεων στην Ελλάδα, τον Μάιο του 1821. Ο ίδιος θριαμβολογώντας έγραφε: «Μέσα σε έξι εβδομάδες τελειώσαμε δύο πολέμους και καταπνίξαμε δύο επαναστάσεις. Ας ελπίσουμε ότι και η τρίτη, αυτή που ξέσπασε στην Ανατολή, δεν θα έχει καλύτερη τύχη».
Η Ελληνική Επανάσταση ήταν χαμένη. Τα στρατεύματα των συμμάχων είχαν εντολή να καταπνίξουν κάθε εστία εξέγερσης. Ο Καποδίστριας καθησύχασε τους συμμάχους και κατόρθωσε στη διακήρυξη των συνέδρων (12 Μαΐου 1821) στην οποία καταδικάζονταν όλα τα επαναστατικά κινήματα, να μην συμπεριληφθεί η Ελληνική Επανάσταση.
Ήταν μία από τις δυσκολότερες - και ίσως η μεγαλύτερη – διπλωματικές επιτυχίες του Καποδίστρια. Ήταν μία από τις μεγαλύτερες προσφορές του στο Ελληνικό Έθνος, αν μάλιστα σκεφτούμε τις δυσμενείς συνθήκες και το ανθελληνικό πνεύμα που επικρατούσε ανάμεσα στους συνέδρους. Ο Καποδίστριας με τους διπλωματικούς του χειρισμούς έσωσε την Ελληνική Επανάσταση εν τη γενέσει της.
Κατά τη διάρκεια του συνεδρίου του Λάυμπαχ έλαβε γράμμα με την αναγγελία του θανάτου του πατέρα του.
Μετά την ολοκλήρωση του συνεδρίου επιστρέφει στην Αγία Πετρούπολη.
