Τον Οκτώβριο του 1819 επέστρεψε από το Λονδίνο. Τον Ιανουάριο του 1820 τον επισκέφθηκε ο Εμμανουήλ Ξάνθος και του πρότεινε την ηγεσία της Φιλικής Εταιρείας. Ο Καποδίστριας δεν δέχθηκε να είναι ο φανερός αρχηγός της φιλικής εταιρείας γιατί κάτι τέτοιο δεν θα συνέφερε την Ελλάδα. Συνοπτικά μπορούμε να αναφέρουμε ότι διατηρούσε την ελπίδα μεταστροφής του Τσάρου προσπαθώντας να τον πείσει για την ένοπλη δράση εναντίον της Τουρκίας. Λόγω της θέσεώς του, σαν Υπουργού Εξωτερικών της Ρωσίας, ελάμβανε γνώση όλων των τυχών εχθρικών αποφάσεων των Ευρωπαϊκών κυβερνήσεων και συμμετείχε σε όλα τα συνέδρια. Με αυτόν τον τρόπο μπορούσε να ματαιώνει ή να επηρεάζει τις αποφάσεις εις βάρος της Ελλάδος, πράγμα το οποίο πέτυχε σε καθοριστικές στιγμές για τον αγώνα. Μάθαινε όλες τις ενέργειες εχθρών και φίλων της Ελλάδας επειδή ταξίδευε σε όλη την Ευρώπη. Η απογοήτευση του Τσάρου αν έφευγε από κοντά του θα ήταν πολύ μεγάλη και ακόμα μεγαλύτερη η αντίδραση του. Με την επιρροή του ο Τσάρος δεν στράφηκε εναντίον του αγώνα των Ελλήνων, πράγμα που θα είχε ολέθριες συνέπειες για την επανάσταση.

Η δικαίωσή του ήρθε λίγους μήνες μετά, όταν οι Μεγάλες δυνάμεις συνεδρίασαν στο Λάυμπαχ για την καταστολή όλων των επαναστάσεων στην Ευρώπη. Ο Καποδίστριας ήταν εκεί για να δώσει την μεγαλύτερη μάχη της καριέρας του.

Ο Ξάνθος, μετά τον Ιωάννη Καποδίστρια, πρότεινε στον Αλέξανδρο Υψηλάντη, υπασπιστή του Τσάρου, να αναλάβει την αρχηγία της Φιλικής Εταιρείας. Ο Καποδίστριας συμφώνησε με την επιλογή και μάλιστα ενθάρρυνε τον Υψηλάντη να αναλάβει την αρχηγία, όπως ο ίδιος ο Υψηλάντης μαρτυρεί. Ακόμα και η Ρωξάνδρα Στούρτζα, η οποία λάτρεψε τον Καποδίστρια, τον μέμφεται ότι θυσίασε τον αγαπημένο τους φίλο Υψηλάντη με το να μην τον εμποδίσει να ηγηθεί της Επαναστάσεως. Βέβαια, από την άλλη πλευρά, υπάρχει επιστολή του Ιωάννη Καποδίστρια στον Τσάρο Αλέξανδρο στην οποία τον ενημερώνει για το ότι επετίμησε τον Υψηλάντη και τον συμβούλεψε να μείνει μακριά από μια εταιρεία « όπου βάλθηκε να καταστρέψει τον τόπο». Αυτή η επιστολή όμως, δεν είναι τίποτε άλλο παρά μία ακόμη απόδειξη της διπλωματικής ευφυΐας του.

Στην Ευρώπη την εποχή εκείνη ξέσπασαν αρκετές εξεγέρσεις με πιο σημαντική την Επανάσταση στη Νεάπολη και στο Πεδεμόντιο. Οι Μεγάλες Δυνάμεις συνεδρίασαν στο Τροπάου τον Οκτώβριο του 1820.