Όταν η Ρωσία απέστειλε στα Επτάνησα στρατεύματα με επικεφαλής τον Ζακυνθινό κόμη Γεώργιο Μοτσενίγο, ο κόμης Μοτσενίγος διόρισε τον Ιωάννη Καποδίστρια προσωρινό διοικητή της Κεφαλονιάς λόγω της πείρας που είχε αποκτήσει από την πρώτη του αποστολή.
Είναι κατά πάντα απαραίτητο να σημειώσουμε ότι, ο Καποδίστριας εντόπισε και αξιολόγησε με σαφήνεια τα προβλήματα που μάστιζαν το λαό της Κεφαλονιάς. Σε αναφορά του προς την κυβέρνηση της Ιονίου Πολιτείας στις 20 Οκτωβρίου 1802 έγραψε: «Αν η κυβέρνηση με την αυθεντία της και την επιβλητική στρατιωτική της δύναμη που τη στηρίζει, τηρήσει απαρέγκλιτα το νόμο της αυστηρής αμεροληψίας, αν μερικοί από τους πρωτεργάτες των κινημάτων, οι ισχυροί και οι τιμαριούχοι, απομακρυνθούν από το νησί με κατάλληλους τρόπους και άλλοι από αυτούς απομονωθούν, ώστε να παρουσιαστούν στο λαό απογυμνωμένοι από κάθε δύναμη και παραγκωνισμένοι, αν η κοινή γνώμη ικανοποιηθεί με την αποζημίωση όσων υπέστησαν βλάβες και με την παραδειγματική τιμωρία των πρωτεργατών των στάσεων και των ανωμαλιών, τους οποίους η μέχρι τώρα ατιμωρησία τους έκανε αυθαδέστερους και προκλητικότερους, αν τέλος υπάρξει σωστή διαχείριση του δημοσίου πλούτου, που να εξυπηρετεί το κοινό συμφέρον, τότε η Κεφαλληνία, μπορώ να το βεβαιώσω, ότι περισσότερο από τα άλλα νησιά θα γίνει κράτος με εθνική αξιοπρέπεια, θα ευημερήσει οικονομικά, γιατί θα γίνει το πιο παραγωγικό νησί και θα αναδείξει έξοχους άνδρες στη διοίκηση, στο εμπόριο, στις τέχνες, τις επιστήμες και στα γράμματα…».
Αλήθειες που εκφράστηκαν με τόσα απλά και λιτά λόγια και δείχνουν σαφέστατα το πρόβλημα, όχι μόνο της Κεφαλονιάς, αλλά ολόκληρου του Ελληνικού κράτους. Πόσα χρόνια άραγε θα μας πάρει να τα υλοποιήσουμε οι σύγχρονοι Έλληνες;
 
Επέστρεψε στην Κέρκυρα.