Τον Οκτώβριο του 1828 η πρωτεύουσα του Ελληνικού κράτους μεταφέρθηκε στο Ναύπλιο και ο Κυβερνήτης εγκαταστάθηκε εκεί.

Την Κυριακή 27 Σεπτεμβρίου 1831 ο Κυβερνήτης μετέβη όρθρου βαθέος στην εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνος. Εκεί απέξω, ο Κωνσταντίνος και ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης τον δολοφόνησαν. Λίγες στιγμές πριν την δολοφονία του, τους αναγνώρισε και τους χαιρέτησε!

Ο Καποδίστριας μέσα σε τρεισήμισι χρόνια έβαλε τις βάσεις και τα θεμέλια για την δημιουργία του πρώτου ανεξάρτητου Ελληνικού κράτους. Τα πρώτα και βασικά θεμέλια που έβαλε, ήταν η πίστη στον αληθινό Θεό και η ανιδιοτελής αγάπη για την πατρίδα. Αυτό δεν άρεσε στις ξένες Δυνάμεις οι οποίες, από την στιγμή της ιδρύσεως της πατρίδας μας αναζητούσαν τρόπους για την διάλυση της. Δυστυχώς στο έργο τους βρήκαν συμπαραστάτες Έλληνες που είδαν τα συμφέροντα τους να παραμερίζονται για την ανάπτυξη της πατρίδας μας.

Την Κυριακή 18 Οκτωβρίου τελέστηκε η κηδεία του Κυβερνήτη. Πλήθος κόσμου συνόδεψε την πομπή ενώ οι θρήνοι και οι κλαυθμοί αντηχούσαν παντού. Ο κόσμος κραύγαζε και αναζητούσε τον πατέρα του , την ελπίδα του.

Ο αδελφός του Αυγουστίνος μετέφερε τελικά το λείψανο του Καποδίστρια στην Κέρκυρα.