Οι αντιπρόσωποι της Ιονίου Γερουσίας διαπίστωσαν τα προβλήματα που δημιουργούσε, το νέο Σύνταγμα, το οποίο ο λαός δυσκολευόταν τα αποδεχτεί. Λόγω των συνεχών εξεγέρσεων και αντιδράσεων σε όλα τα Επτάνησα ο πρόεδρος της Ιονίου Γερουσίας Σπυρίδων Θεοτόκης κάλεσε τους χωρικούς και τους αστούς να εκλέξουν τους δικούς τους αντιπροσώπους, ώστε να συζητηθεί το θέμα του Συντάγματος. Συστήθηκε έτσι η «Έντιμη Αντιπροσωπεία» της πόλης και επιτεύχθηκε η ενότητα του λαού. Η «Έντιμη Αντιπροσωπεία» όμως προχώρησε και κήρυξε άκυρο το «Βυζαντινό» Σύνταγμα και αποφάσισε την σύνταξη νέου το οποίο ονομάστηκε «Onoranda». Η πρόταση του Σπ. Θεοτόκη, ότι δεν πρέπει να τεθεί σε εφαρμογή το νέο σύνταγμα αν δεν εγκριθεί από τους Συμμάχους, δεν εισακούστηκε.
Πράγματι οι μεγάλες δυνάμεις και η Πύλη αντέδρασαν και ζήτησαν την επαναφορά του συντάγματος που οι ίδιοι είχαν επικυρώσει. Η επέμβαση δεν άργησε να έρθει. Οι φόβοι του Καποδίστρια έγιναν πραγματικότητα. Τα προσωπικά συμφέροντα, και η Διχόνοια η οποία «θέλει αποδείξει ότι η συνήθεια των αλλοτρίων δεσμών σας έκαμεν αναξίους της ελευθερίας» όπως έγραψε και ο Κοραής, ματαίωσαν τη θεμελίωση του νέου κράτους. Έτσι, οι Σύμμαχοι παρουσιάστηκαν – όπως επιθυμούσαν – σαν σωτήρες των Ελλήνων.
Η Ρωσία απέστειλε στα Επτάνησα στρατεύματα με επικεφαλής τον Ζακυνθινό κόμη, Γεώργιο Μοτσενίγο. Ο κόμης Μοτσενίγος αποβιβάστηκε στην Κέρκυρα στις 16 Αυγούστου 1802 με σκοπό να αποκαταστήσει την ειρήνη και την σταθερότητα στα νησιά. Ο Καποδίστριας διορίστηκε προσωρινός διοικητής της Κεφαλονιάς.