Ο Καποδίστριας έρχεται για να σπουδάσει, σε ηλικία 17 ετών, στο Πανεπιστήμιο της Πάδοβας. Το πανεπιστήμιο της Πάδοβας ήταν το 17ο και 18ο αιώνα κέντρο της μόρφωσης των Ελλήνων από όλη την υπόδουλη Ελλάδα. Πολλοί Έλληνες φοιτητές μάλιστα διακρίθηκαν και ως καθηγητές του Πανεπιστημίου της. Οι Έλληνες φοιτητές είχαν οργανωθεί μάλιστα και σε όμιλο, όπου υποδεχόταν και βοηθούσαν τους νέους φοιτητές που έρχονταν στην Πάδοβα. Ο Καποδίστριας παρακολούθησε φιλοσοφία, νομικά και ιατρική. Σημειωτέον ότι την εποχή εκείνη οι φοιτητές μπορούσαν κατόπιν δύο χρόνων φοίτησης να ζητήσουν να εξεταστούν από ειδική επιτροπή καθηγητών του Πανεπιστημίου, και αν αποδεικνυόταν ότι είχαν ολοκληρώσει τις σπουδές τους έπαιρναν το δίπλωμά τους. Ο Καποδίστριας ζήτησε και εξετάστηκε και επιτυχώς πήρε το πτυχίο του ως ιατρός στις 10 Ιουνίου του 1797 και επέστρεψε στην Κέρκυρα.